يسعى برنامج الدراسات القرآنية لإعداد علماء وباحثين ومفكرين متضلعين في التفسير وعلوم القرآن ولديهم المهارات اللازمة لممارسة نشاطهم العلمي والبحثي والفكري في المجتمع، حتى يسهموا في خدمة المجتمع بنشر العلم الشرعي بين أفراده وتحصينه من الانحرافات الفكرية ولذا يهدف البرنامج إلى إعداد جيل وسطي يفهم الإسلام فهماً شمولياً بعيداً عن الغلو والجفاء، ويهدف البرنامج بشكل عام إلى تكوين الشخصية المتوازنة العارفة بمبادئ الإسلام وأصوله الكلية وقواعده العامة، والمطلعة على المجالات العلمية التخصصية والمساندة، بحيث يتخرج الطالب/الطالبة بعد إعداده إعداداً متناسقاً يكفل تنمية معارفه وإثراء فكره والرقي بوجدانه وإكسابه مهارات سلوكية متطورة وفق المنهج الشرعي المعتدل، ويربط الجيل المسلم بكتاب الله تعالى، وأخلاقه العظمى، والشريعة السمحة وتزويدهم بمهارات الاتصال بالمجتمعات المحلية والخارجية والتأثير فيها اضطلاعا بمهمة تبليغ الرسالة إلى العالمين.